НИИ ЭДиТО ФГБНУ "РОНЦ им. Н.Н. Блохина", Лаборатория медицинской химии
Цель работы - показать, что белок микротрубочек бета-III тубулин (TUBB3) может служить маркером, позволяющим отделить истинно нормальную ткань легкого от трансформированной и оценить степень местной распространенности процесса.Проведено сравнение экспрессии TUBB3 в ткани немелкоклеточного рака легкого (НМРЛ) и в морфологически нормальной ткани легкого, прилежащей к опухоли (суммарно 40 образцов).Результаты могут быть использованы для выбора тактики послеоперационного ведения больного
Белок RRM1, являющийся субъединицей рибонуклеотидредуктазы, предсказывает резистентность к гемцитабину. Обнаружение RRM1 в ткани рака яичников представляет большой интерес, так как гемцитабин часто включается во вторую линию химиотерапии рака яичников. Ранее мы разработали иммунофлуоресцентный метод, связанный с проточной цитометрией, для количественного анализа опухолевых маркеров и использовали эту методологию в данном исследовании для оценки RRM1 в ткани рака яичников
О молекулярных основах функционирования биомембран: роль полиненасыщенных цепей фосфолипидов
1Рабинович А.Л., 1Рипатти П.О., 2Журкин Д.В.
1ФГБУ Институт биологии КНЦ РАН,2ФГБОУ ВПО "ПетрГУ"
Обсуждаются вопросы о функциональной роли разных ненасыщенных цепей фософолипидов в биомембранах: в поддержании уровня жидкостности, в стабилизации или оптимизации липид-белковых взаимодействий при изменениях температуры. Методом Монте-Карло при T=293, 303 и 313 K проведено моделирование углеводородных цепей, содержащих до 6 двойных связей cis (метиленпрерывающихся). Для каждой цепи вычислена конформационная теплоемкость, приходящаяся на C-C связь (удельная теплоемкость). Обнаружено, что чем больше двойных связей в цепи, тем меньше величина ее теплоемкости; полиненасыщенные цепи аннулярных липидов могут поэтому играть роль термостабилизатора для интегральных белков биомембран
Соотношения между химическим строением и физическими свойствами углеводородных цепных молекул: поиск устойчивых тенденций
1Рабинович А.Л., 2Журкин Д.В.
1ФГБУ Институт биологии КНЦ РАН,2ФГБОУ ВПО "ПетрГУ"
Углеводородные цепи (насыщенные и ненасыщенные) – представители наиболее важных природных молекул; они играют ключевую роль в различных процессах в биологических мембранах как компоненты молекул фосфолипидов. Одной из важнейших проблем является выявление взаимосвязей между химическим строением и физическими свойствами таких молекул. Методом Монте-Карло проведено моделирование углеводородных цепей из 16, 18, 20 и 22 атомов углерода, и содержащих 1 - 6 двойных связей cis в разных положениях вдоль цепей. Для некоторых рассчитанных свойств этих молекул выявлен ряд таких тенденций в зависимостях ''структура - свойства'', которые качественно согласуются в разных подходах, т.е. являются устойчивыми тенденциями
Невозмущенные углеводородные цепи и цепи молекул фосфолипидов в жидкокристаллических бислоях: сравнение свойств (методы Монте-Карло и молекулярной динамики)
1Рабинович А.Л., 2Журкин Д.В., 3Любарцев А.П.
1ФГБУ Институт биологии КНЦ РАН,2ФГБОУ ВПО "ПетрГУ", 3Stockholm University
Методом Монте-Карло при T=303 K изучены невозмущенные линейные углеводородные цепи 16:0, 18:0, 18:1(n-9)cis, 18:2(n-6)cis, 18:3(n-3)cis, 18:4(n-3)cis, 18:5(n-3)cis, 20:4(n-6)cis, 20:5(n-3)cis, 22:6(n-3)cis. Методом молекулярной динамики при той же температуре и с теми же параметрами силового поля изучено несколько гомогенных бислоев фосфатидилхолинов (ФХ) с полной гидратацией; цепь sn-1 каждой молекулы ФХ была насыщенной (16:0 или 18:0), а цепью sn-2 являлась одна из перечисленных выше ненасыщенных цепей. Были рассчитаны средние расстояния <h> между концами всех цепей. Показано, что хотя конформации цепей в невозмущенном состоянии не совпадают с таковыми в жидкокристаллических бислоях, относительная разница в величинах <h> сравнительно невелика, ~9-23%
1Саратовский государственный университет им. Н.Г.Чернышевского, г.Саратов 2Институт геохимии и аналитической химии им. В.И.Вернадского РАН, г.Москва
Вычислены энергии взаимодействия фуллеренов С60, С32, С28 и С20 с однослойным графеновым листом (SLG). Показано, что энергия ван-дер-ваальсова взаимодействия изменяется в пределах 0.05-0.65 кДж/моль и резко убывает с увеличением размеров фуллерена. Между фуллереном С28 и SLG образуется ковалентная СС связь, энергия которой составляет 40,6 кДж/моль
1Саратовский государственный университет им. Н.Г.Чернышевского, г.Саратов 2Институт геохимии и аналитической химии им. В.И.Вернадского РАН, г.Москва
Выполнен расчёт энергии взаимодействия однослойного графенового листа (SLG) с одним и тремя атомами Са. Показано, что энергия ван-дер-ваальсова взаимодействия, приходящаяся на один атом, возрастает в несколько раз при увеличении концентрации атомов Са
Квантовое молекулярно-динамическое исследование наночастиц SiC равновесной формы
Свечников А.Б.
Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
В работе представлены результаты МД-расчетов наночастиц кубического карбида кремния (SiC) равновесной формы. Основной целью работы было повышение физической точности расчетов за счет использования квантово-химических методов в блоке определения сил взаимодействия. В ходе вычислительных экспериментов выполнялось программирование температурного режима. Проведенное моделирование выявило ряд закономерностей изменения морфологии наночастиц Вульфа
Влияние функционализации на электронную структуру нанопроводов SiC
Свечников А.Б.
Национальный исследовательский центр "Курчатовский институт"
В данной работе выполнены неэмпирические расчеты равновесной геометрии и электронных спектров нанопроводов карбида кремния с ориентацией продольной оси (100). Были рассмотрены чистые и деко-рированные атомами водорода нанопровода SiC различных диаметров. Проанализирован случай, когда функционализация наноструктуры превращает проводник в непрямозонный полупроводник. Сделан вывод о важности функционализации для формирования нанопроводов с за-данными свойствами
