Основан в 1947 году на базе Лаборатории геохимических проблем им. В.И.Вернадского АН СССР (в 1928-43 г.г. Биогеохимическая лаборатория). Основатель и первый директор академик А.П. Виноградов. В настоящий момент является одним из крупнейших институтов Российской академии наук.

Деятельность института затрагивает исследования по физико-химическим теориям геологических процессов, прогнозированию полезных ископаемых, космохимии и сравнительной планетологии, разработке методов определения и разделения химических элементов и др.